Come punteggio la fantacoppa funziona con le normali regole del fantacalcio. Le differenze sono poche, fra queste c'è che i goal in trasferta valgono doppio. Nella seconda formazione, ossia in quelle della 18ª,26ª,34ª e 38ª giornata vanno ordinati gli 11 giocatori titolari per gli eventuali rigori, ossia se le 2 fantasquadre terminano in parità dopo i 2 incontri si procede con i rigori che fanno il confronto del puro voto (senza bonus o malus) dei calciatori delle 2 squadre, se un giocatore non prende voto o non gioca entrerà il rigorista successivo. I rigori da battere sono 5, se i giocatori prendono lo stesso voto è un goal per entrambi. Se dopo 5 rigori le fantasquadre sono ancora pari si va ad oltranza. Se anche dopo i rigori le 2 fantasquadre sono in parità verrà qualificata la squadra che nel fantacampionato ha il fantapunteggio migliore. Inoltre al primo e secondo turno verrà ripescata fra le fantasquadre perdenti, quella che nella fantacoppa ha fatto il fantapunteggio migliore, se vi sono 2 fantasquadre perdenti con lo stesso fantapunteggio migliore verrà riammessa la fantasquadra che nel fantacampionato ha il fantapunteggio migliore.